1、增值稅專用發票的開具 增值稅專用發票的開具是通過增值稅開票系統進行的。納稅單位經過稅務機關的認證，取得了增值稅一般納稅人資格后，就可以安裝增值稅防偽開票系統。防偽開票系統由金稅卡、系統軟件、IC卡及讀卡器、實物發票、打印機組成。 系統安裝完必后，第一步是到稅務機關購買增值稅發票，此時要帶上IC卡，稅務機關出售發票后會將發票的電子信息讀到IC卡上，如發票號、版本、開票限額等，這些信息與同時購買的紙質發票一致。 購買發票后，回到企業，將IC卡插入本單位開票系統讀卡器，此時，發票的電子信息將被讀入開票系統。 有了發票之后，就可以開具發票了，此時要注意，系統開具的發票是順號的，在打印實物發票之前必須將系統開具發票的號碼與從稅務機關購得的實物發票號碼核對一致。 發票打印出以后，加具開票單位的發票專用章，就可以將發票送給購貨單位了。如果發票有錯，則需要作廢，此時在作廢實物發票的同時，也要作廢系統發票。 有時可能由于銷貨退回、折扣與折讓等原因，需要開具經字發票，開票系統提供了這一功能，這時只要輸入原藍字發票，就可以開具對應的紅字發票。但需要注意的是，開具之前一定要取得購貨單位到稅務局辦理的銷售退回或折扣與折讓證明單。
2、增值稅進項發票的認證。 增值稅進項發票的認證在稅務機關的認證系統進行。納稅人在取得增值稅進項發票以后，就可以到稅務機關大廳進行增值稅發票的認證，認證的目的是確認增值稅發票的真假，只有通過認證的發票才能抵扣。認證的過程很簡單，只需要將發票準備好，拿到國稅申報大廳，由稅務工作人員將發票信息掃入系統，由系統自動進行比對，就可以確認發票的真假。 對于開展了網上認證的地區，納稅人可以在自己單位將發票通過掃描儀掃入，將數據文件傳給稅務機關就可以完成認證。增值稅發票認證的期限為從開票之日起三個月，目前當月認證的發票必須在當月抵扣。
3、抄報稅。 抄報稅指的是將防偽開票系統開具發票的信息報送稅務機關。這個過程分為兩步，第一步是到月底，在開票系統進行抄稅處理，將本月開具增值稅專用發票的信息讀入IC卡（抄稅完成后本月不允許再開具發票），第二步就是將IC卡拿到稅務機關，由稅務人員將IC卡的信息讀入稅務機關的金稅系統，整個過程就完成了。 經過抄稅，稅務機關確保了所有開具的銷項發票到進入到了金稅系統，經過報稅，稅務機關確保了所有抵扣的進項發票都進入了金稅系統，就可以在系統內由系統進行自動進行比對，確保仍何一張抵扣的進項發票都有銷項發票與其對應。
4、納稅申報 完成了本月核算工作，抄報稅完成后，企業就可以進行本月增值稅的納稅申報。一般情況下銷項稅額與進項稅額的差額就是本月應納稅額.其中銷項稅額根據本月銷售收入與適應稅率計算出，這個數字應當大于等于本月抄稅中的銷項稅額，這是因為還可能存在未開票的銷售收入，如果小于，納稅申報就會有問題。進項稅額不得大于本月認證的進項稅額（當然如果有農產品收購、運輸發票抵扣的除外）。 5、稅款繳納 增值稅申報之后，稅務機關會開具稅款繳納的單據，納稅單位就可以直接將這些單據送到自己開戶銀行，由銀行進行轉賬處理。當然也可以到稅務機關指定銀行進行現金繳納。
