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企業所得稅的匯算清繳，由納稅人自行計算年度應納稅所得額和應繳所得稅額，根據預繳稅款情況，計算全年應繳、應退稅額，并填寫納稅申報表，在稅法規定的申報期內向稅務機關進行年度納稅申報，也可以委托社會中介機構代理申報，經稅務機關受理并審核后，辦理結算稅款手續。之后，稅務機關根據選案標準、平時及審核中掌握的情況，有針對性地進行納稅檢（稽）查。
企業所得稅匯算清繳，應以企業會計核算為基礎，以稅收法規為依據。企業所得稅匯算清繳的具體規定如下：
（1）納稅人納稅年度內無論盈利、虧損或處于減免稅期，均應根據所得稅法律、法規及有關規定辦理年度企業所得稅申報。納稅人已按照規定預繳稅款，因特殊原因不能在規定期限辦理年度企業所得稅申報的，應在申報期限內提出書面延期申報申請，經主管稅務機關核準，在核準期限內辦理納稅申報。
（2）納稅人在納稅年度中間發生合并、分立的，依據稅收法規的規定，合并、分立后其納稅人地位發生變化的，應在辦理變更稅務登記之前辦理企業所得稅申報，及時進行匯算清繳，并結清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續計算。
（3）納稅人己預繳的稅款少于全年應繳稅款的，應在年度終了后4個月（外資企業為5個月）內結清應補繳的稅款。預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應繳納的稅款。
匯算清繳所得稅的會計處理：
（一）采用“應付稅款法”
1.計算出應繳或應補繳的所得稅時：
借：所得稅
貸：應交稅金-應交所得稅
2.實際上繳稅款時：
借：應交稅金-應交所得稅
貸：銀行存款
3.實際收到退回的多繳稅款時，作與上述方向相反的會計分錄。
（二）采用“納稅影響會計法”
1.計算出應繳的所得稅時，需減去（或加上）本期發生的遞延稅款：
借：所得稅
遞延稅款
貸：應交稅金-應交所得稅
（或貸：遞延稅款）
2.實際上繳稅款時
借：應交稅金-應交所得稅
貸：銀行存款
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