高新技術企業認定專項審計的風險主要是稅務風險。在高新技術企業認定時稅務機關實際上是不參與的，他們只是根據科技管理部門認定的資料備案。但一旦認定了就必然會有享受稅收優惠的事實，如果事后因各種原因被發現是虛假的，那么稅務機關和科技管理部門很可能會把責任推到出具高新技術企業認定專項審計報告的會計師事務所身上。
一、如何控制高新技術企業認定專項審計的風險
我們應當運用職業判斷，以質疑的思維方式評價所獲取證據的有效性，確定專項審計時需要特別考慮的重大錯報風險。如：
1.申報企業管理層存在為了申請高新技術企業資格以享受稅收優惠政策的動機，可能導致高新技術研究開發費用支出與高新技術產品（服務）收入存在重大錯報。
2.高新技術產品（服務）收入是否涉及重大的關聯方交易，使得高新技術產品收入作價不公允，以提高高新技術產品收入。
3.高新技術系統集成產品收入的確認，是否可能存在較大的隨意性從而產生高新技術產品收入確認的風險。
4.申報企業如何區分高新技術產品收入和企業的其他收入。
5.申報企業如何界定研發費用支出和企業的其他費用支出。
二、如何對研究開發費用實施進一步審計程序
我們從申報企業從立項和預算管理、人員管理、設備及材料管理、委托外部研究開發管理、結項管理等流程分析中識別研究開發費用的關鍵控制點，對研究開發費用實施進一步審計程序。
對人員人工：重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、參加社會保險資料，結合研發部門人員名單，確定研發人員的工資費用是否真實，計算是否準確。對受雇的科研人員累計實際工作時間要有在183天以上證據。對企業存在多個研發項目的，還要按實際參與的項目進行歸集，若研發人員同時參與兩個或兩個以上項目應按統計的工作量進行分攤，無工作量統計的，則選擇當期各項目直接投入占總投入比例進行分攤。
對直接投入：重點檢查管理費用、原材料明細賬、原材料購入、發出、結存明細表、相關費用分配表等，確認其結轉研發費用的合理性及金額的準確性。對于直接購入的能源、材料則檢查購入的發票、運輸單據、入庫單、領料單等，確認其真實性及與研發的項目相關性。對動力費用、共同使用的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費等按各種研發項目使用的工作量等方法計算后計入。
對折舊費用與長期待攤費用：重點檢查固定資產明細賬、長期待攤費用明細賬，檢查被申報企業年度新增固定資產及長期待攤費用的發票、固定資產的申購單、入庫單、驗收單，實地查看該部分設備，確定其是否真實存在，是否用于研發。符合各項折舊、攤銷的準確性。對購入時已計入研發費用的是否重復計提折舊。對屬于多個項目使用的，按各研發項目使用的工作量等方法計算后計入。
對設計費用：重點檢查管理費用明細賬—研發費用明細科目，檢查涉及費用支出的發票，付款申請審批單據，確認其費用發生的真實性及金額的準確性。委外設計費需查看合同、協議等。
對裝備調試費：重點檢查是否為大規模批量化和商業化生產所進行的常規性工裝準備，以確定是否可以計入研究開發費用。
對無形資產攤銷：重點檢查無形資產明細賬、管理費用明細賬，檢查無形資產購入發票、付款憑證、轉悠技術證書等資料，確認其真實性及攤銷金額的準確性。如屬于多個項目使用的，按各研發項目使用的工作量等方法計算后計入。
對委托外部研究開發費用：重點檢查管理費用明細賬、與委托外部研究開發費用相關的明細賬，委托外部研究開發費用的合同或協議，檢查發票、付款憑證，確認其發生的真實性及金額計算的準確性，是否關聯交易，關聯交易的發生金額應按照獨立交易原則確定。關注是否按照委托外部研究開發費用發生額的80%計入研發費用總額。
對其他費用：重點檢查管理費用明細賬，費用分攤表，確認費用支出與研發項目的相關性及費用分攤的合理性。關注其他費用金額不高于研發費用總額的10%。如屬于多個項目的，按各項目直接投入占總投入比例進行分攤，若費用較小則直接計入某項目。
