一、申報明細表與年度財務報表既關聯又有區別
申報明細表與年度財務報表相關聯，是指企業最近三個會計年度研究開發費用結構明細表和最近一年高新技術產品（服務）收入明細表的相關數據包含在已審計的年度財務報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關會計政策、會計估計方面不存在差異。
但申報明細表又區別于年度財務報表。企業最近三個會計年度研究開發費用結構明細表和最近一年高新技術產品（服務）收入明細表是按照《高新技術企業認定管理辦法》和《高新技術企業認定管理工作指引》編制的，其列報的數據可以直接反映出企業是否滿足認定條件。
二、專項審計的實施
不論企業以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當低于相應財務報表審計的重要性水平，確定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據的程度。需要注意的是，應當結合具體環境考慮重要性的性質和數量兩方面的因素。
三、專項審計對高新技術產品或服務識別的要求
無論是研究開發費用，還是高新技術產品（服務），在專項審計中都涉及高新技術的識別。注冊會計師不是高新技術領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規定：（1）恰當界定研究開發項目、高新技術產品（服務）的具體范圍是申報企業的責任。（2）申報企業技術負責人與企業法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。
但《專項審計指引》也規定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調配的資源，包括就復雜的研究開發項目技術問題利用專家的工作。
四、風險導向審計理念在專項審計中的應用
《專項審計指引》要求針對研究開發項目和高新技術產品（服務）了解申報企業及其環境，比如，了解申報企業產品（服務）的技術變化，了解申報企業研究開發部門的設置和分布，以及是否存在專門的機構和人員從事研究開發活動，了解申報企業為從事研究開發活動而進行的固定資產投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報企業是否確立了創建科技創新型企業的發展戰略，了解申報企業是否將高新技術產品（服務）收入作為主要的業績考核指標。
《專項審計指引》要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業不能提供研究開發項目的相關計劃與實施方案、研究開發記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環境，特別是凌駕于內部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據的會計記錄或相關文件。
《專項審計指引》要求注冊會計師應當假定申報企業的高新技術研究開發費用支出與高新技術產品（服務）收入存在舞弊風險；應當考慮申報企業管理層有可能存在為了申請高新技術企業資格以享受稅收優惠政策的動機，導致高新技術研究開發費用支出與高新技術產品（服務）收入存在重大錯報風險。
五、對與申報明細表相關的內部控制制度的了解
《專項審計指引》勾畫了與申報明細表相關的內部控制制度，強調了解這些內部控制是識別、評估重大錯報風險以及設計和實施進一步審計程序的基礎。
與高新技術產品（服務）收入相關的內部控制包含在企業產品或服務的銷售控制中，而如高新技術產品（服務）收入與研究開發激勵或與銷售獎勵相關聯時，企業一般會設計或增加相應的控制環節。注冊會計師審計時，需要了解申報企業能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術產品（服務）進行恰當分類。
在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術研究開發費用支出相關的內部控制�！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{研究開發費用控制通常屬于申報企業費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發費用完整性、發生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發業務流程通�？赡馨ǖ闹饕顒樱缌㈨椇皖A算管理、人員管理、材料和設備管理以及結項管理等。
六、專項審計報告的審計
基于申請高新技術企業認定的目的，申報企業通常將最近三個會計年度研究開發費用結構明細表和最近一年高新技術產品（服務）收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發費用結構明細表和高新技術產品（服務）收入明細表分別出具專項審計報告。
由于研究開發費用結構明細表涉及三個會計年度，注冊會計師出具非標準專項審計報告時需要指明導致事項所對應的會計年度。
