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根據《企業所得稅暫行條例》及其實施細則，《中華人民共和國稅收征收管理法》及《國家稅務總局企業所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的規定，企業所得稅的匯算清繳應按以下程序進行：
（一）匯算清繳期限企業繳納所得稅，按年計算，分月或者分季預繳。
納稅人應當在月份或者季度終了后十五日內，向其所在地主管稅務機關報送會計報表、預繳所得稅申報表和納稅人發生的應由稅務機關審批或備案的有關稅務事項；年度終了后四十五日內，向其所在地主管稅務機關報送會計決算報表和所得稅申報表，在年度終了后五個月內結清應補繳的稅款。預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關予以及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應繳納的稅款。
應注意的是：
1、實行按月或按季預繳所得稅的納稅人，其納稅年度最后一個預繳期的稅款應于年度終了后15日內申報和預繳，不得推延至匯算清繳時一并繳納。
2、若納稅人已按規定預繳稅款，因特殊原因不能在規定期限辦理年度企業所得稅申報的，則應在申報期限內提出書面延期申請，經主管稅務機關核準后，在核準的期限內辦理。
3、若納稅人因不可抗力而不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應當在不可抗力情形消除后立即向主管稅務機關報告。主管稅務機關經查明事實后，予以核準。
4、納稅人在納稅年度中間破產或終止生產經營活動的，應自停止生產經營活動之日起30日內向主管稅務機關辦理企業所得稅申報，60日內辦理企業所得稅匯算清繳，并依法計算清算期間的企業所得稅，結清應繳稅款。
5、納稅人在納稅年度中間發生合并、分立的，依據稅收法規的規定合并、分立后其納稅人地位發生變化的，應在辦理變更稅務登記之前辦理企業所得稅申報，及時進行匯算清繳，并結清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續計算。
（二）匯算清繳程序
1、填寫納稅申報表并附送相關材料
納稅人于年度終了后四個月內以財務報表為基礎，自行進行稅收納稅調整并填寫年度納稅申報表及其附表〔包括銷售（營業）收入及其他收入明細表、成本費用明細表、投資所得（損失）明細表、納稅調整增加項目明細表、納稅調整減少項目明細表、稅前彌補虧損明細表、免稅所得及減免稅明細表、捐贈支出明細表、技術開發費加計扣除明細表、境外所得稅抵扣計算明細表廣告費支出明細表、工資薪金和工會經費等三項經費明細表資產折舊、攤銷明細表、壞賬損失明細表、事業單位、社會團體、民辦非企業單位收入項目明細表、事業單位、社會團體、民辦非企業單位支出項目明細表〕，向主管稅務機關辦理年度納稅申報。納稅人除提供上述所得稅申報及其附表外，并應當附送以下相關資料：
（1）財務、會計年度決算報表及其說明材料。包括資產負債表、損益表、現金流量表等有關財務資料；
（2）與納稅有關的合同、協議書及憑證；
（3）外出經營活動稅收管理證明和異地完稅憑證；
（4）境內或者境外公證機構出具的有關證明文件；
（5）納稅人發生的應由稅務機關審批或備案事項的相關資料；
（6）主管稅務機關要求報送的其他有關證件、資料。
2、稅務機關受理申請，并審核所報送材料
（1）主管稅務機關接到納稅人或扣繳義務人報送的納稅申報表或代扣代繳、代收代繳稅款報告表后，經審核其名稱、電話、地址、銀行賬號等基本資料后，若發現應由主管稅務機關管理的內容有變化的，將要求納稅人提供變更依據；如變更內容屬其他部門管理范圍的，則將敦促納稅人到相關部門辦理變更手續，并將變更依據復印件移交主管稅務機關。
（2）主管稅務機關對申報內容進行審核，主要審核稅目、稅率和計稅依據填寫是否完整、正確，稅額計算是否準確，附送資料是否齊全、是否符合邏輯關系、是否進行納稅調整等。審核中如發現納稅人的申報有計算錯誤或有漏項，將及時通知納稅人進行調整、補充、修改或限期重新申報。納稅人應按稅務機關的通知作出相應的修正。
（3）主管稅務機關經審核確認無誤后，確定企業當年度應納所得稅額及應當補繳的企業所得稅款，或者對多繳的企業所得稅款加以退還或抵頂下年度企業所得稅。
3、主動糾正申報錯誤
納稅人于年度終了后四個月內辦理了年度納稅申報后，如果發現申報出現了錯誤，根據《企業所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的相關規定：納稅人辦理年度所得稅申報后，在匯繳期內稅務機關檢查之前自行檢查發現申報不實的，可以填報《企業所得稅年度納稅申報表》向稅務機關主動申報糾正錯誤，稅務機關據此調整其全年應納所得稅額及應補、應退稅額。
4、結清稅款
納稅人根據主管稅務機關確定的全年應納所得稅額及應補、應退稅額，年度終了后4個月內清繳稅款。納稅人預繳的稅款少于全年應繳稅款的，在4月底以前將應補繳的稅款繳入國庫；預繳稅款超過全年應繳稅款的，辦理抵頂或退稅手續。
5、辦理延期繳納稅款申請
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其《實施細則》的相關規定，納稅人因有下列特殊困難：
（1）水、火、風、雷、海潮、地震等人力不可抗拒的自然災害，或者可供納稅的現金、支票以及其他財產等遭遇偷盜、搶劫等意外事故，導致納稅人發生較大損失，正常生產經營活動受到較大影響的。納稅人應提供災情報告或者公安機關出具的事故證明；
（2）因國家調整經濟政策的直接影響，或者短期貨款拖欠，當期貨幣資金在扣除應付職工工資、社會保險費后，不足以繳納稅款的。納稅人應提供有關政策調整的依據或提供貨款拖欠情況證明和貨款拖欠方不能按期付款的證明材料。
從而不能按期繳納稅款的，納稅人應當在繳納稅款期限屆滿前（一般各地主管稅務機關均規定應當在期限屆滿前15日內提出，具體請參見各地稅務局的規定）向主管稅務機關提出申請，并報送下列材料：申請延期繳納稅款報告、當期貨幣資金余額情況及所有銀行存款賬戶的對賬單、資產負債表、應付職工工資和社會保險費等稅務機關要求提供的支出預算等。經省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局，或者計劃單列市國家稅務局、地方稅務局批準，可以延期繳納稅款，但最長不得超過三個月。
稅務機關將在自收到申請延期繳納稅款報告之日起20日內作出批準或者不予批準的決定；若不被批準，從繳納稅款期限屆滿之日起納稅人將被加收滯納金。
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