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根據《關于印發〈關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定〉的通知》（財稅〔2000〕91號）和《財政部 國家稅務總局關于調整個體工商戶、個人獨資企業和合伙企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅〔2008〕65號）、《財政部 國家稅務總局關于調整個體工商戶業主 個人獨資企業和合伙企業自然人投資者個人所得稅費用扣除標準的通知》(財稅〔2011〕62號)的規定，現將個人獨資企業和合伙企業個人所得稅年度申報和匯算清繳相關政策指引整理如下，以供納稅人參照學習。
一、稅率
實行查賬征稅辦法的，其稅率比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。實行核定征收方式的，先按照應稅所得率計算其應納稅所得額，再按其應納稅所得額的大小，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
投資者興辦兩個或兩個以上企業的（包括參與興辦），年度終了時，應匯總從所有企業取得的應納稅所得額，據此確定適用稅率并計算繳納個人所得稅。
二、查賬征收應納個人所得稅的計算
個人獨資企業和合伙企業應納稅所得額，等于每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人生產經營所得，
（一）收入總額
收人總額是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品（產品）銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營運業外收入。
（二）扣除項目
扣除項目比照《個體工商戶個人所得稅計稅辦法（試行）》（國稅發〔1997〕43號）的規定確定，但下列項目的扣除依照以下規定執行：
1、從2011年9月1日起，投資者的費用扣除標準為每月3500元。投資者興辦兩個或兩個以上企業的，費用扣除標準由投資者選擇在其中一個企業的生產經營所得中扣除。投資者的工資不得在稅前扣除。
2、個人獨資企業和合伙企業向其從業人員實際支付的合理的工資、薪金支出，允許在稅前據實扣除。
3、個人獨資企業和合伙企業撥繳的工會經費、發生的職工福利費、職工教育經費支出分別在工資薪金總額2%、14%、2.5%的標準內據實扣除。
4、個人獨資企業和合伙企業每一納稅年度發生的廣告費和業務宣傳費用不超過當年銷售（營業）收入15%的部分，可據實扣除；超過部分，準予在以后納稅年度結轉扣除。
5、個人獨資企業和合伙企業每一納稅年度發生的與其生產經營業務直接相關的業務招待費支出，按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售（營業）收入的5‰。
6、投資者及其家庭發生的生活費用不允許在稅前扣除。投資者及其家庭發生的生活費用與企業生產經營費用混合在一起，并且難以劃分的，全部視為投資者個人及家庭發生的生活費用，不允許在稅前扣除。
7、企業計提的各種準備金不得稅前扣除。
（三）虧損彌補
1、企業的年度虧損，允許用本企業下一年度的生產經營所得彌補，下一年度所得不足彌補的，允許逐年延續彌補，但最長不得超過5年。
2、投資者興辦兩個或兩個以上企業的，企業的年度經營虧損不能跨企業彌補。
3、實行查賬征稅方式的個人獨資企業和合伙企業改為核定征收方式后，在查賬征稅方式下認定的年度經營虧損未彌補完的部分，不得再繼續彌補。
（四）對外投資分回的利息或者股息、紅利
個人獨資企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。以合伙企業名義對外投資分回利息或者股息、紅利的，應按比例確定各個投資者的利息、股息、紅利所得，分別按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。
三、投資者興辦兩個或兩個以上企業應納稅額的計算辦法
個人投資兩個或兩個以上獨資、合伙企業的，投資者個人應分別向企業實際經營管理所在地主管稅務機關預繳個人所得稅，年度終了后3個月內辦理匯算清繳，區別以下不同情況分別處理，將企業的經營所得合并計算應納稅額，多退少補。
（1）投資者興辦的企業全部是個人獨資企業的，分別向各企業實際經營管理所在地稅務部門辦理年度納稅申報，并依其投資的全部個人獨資企業的經營所得確定適用稅率，以本企業實際生產經營所得為基礎，計算應繳稅款，辦理匯算清繳。計算公式為：
應納稅所得額＝各個獨資企業應納稅所得額的合計數
應納個人所得稅稅額＝應納稅所得額×適用稅率－速算扣除數 本企業投資者應納稅額＝應納個人所得稅稅額×（本企業應納稅所得額÷各個獨資企業應納稅所得額的合計數）
本企業投資者應補繳個人所得稅稅額=本企業投資者應納個人所得稅稅額－本企業投資者預繳個人所得稅稅額
（2）投資者興辦企業中有合伙企業的，將投資者在合伙企業中應分配的應納稅所得額與其投資于獨資企業的應納稅所得額合并，確定應納個人所得稅稅額。投資者應向經常居住地稅務主管稅務機關申報納稅，辦理匯算清繳；對于經常居住地與其興辦企業的經營管理所在地不一致的，應由納稅人選定其參與興辦的某一合伙企業經營管理所在地辦理匯算清繳，并且在5年內不得變更。5年以后需要變更的，或者匯繳企業所在地的所辦企業停止經營的，投資者可向主管稅務機關申請變更匯繳地點。計算公式為：
應納稅所得額＝投資者從各個企業分得的經營所得之和 應納稅額＝應納稅所得額×稅率－速算扣除數
投資者應補繳的稅額＝應納稅額－投資者各個企業預繳的稅額之和
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