土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規及土地增值稅有關政策規定，計算房地產開發項目應繳納的土地增值稅稅額，并填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。
基本原則:
納稅人應當如實申報應繳納的土地增值稅稅額，保證清算申報的真實性、準確性和完整性。
稅務機關應當為納稅人提供優質納稅服務，加強土地增值稅政策宣傳輔導。主管稅務機關應及時對納稅人清算申報的收入、扣除項目金額、增值額、增值率以及稅款計算等情況進行審核，依法征收土地增值稅。
征管方式
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十六條規定，納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由于涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預征土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結算后再進行清算，多退少補。
清算條件:
納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算。
(一)房地產開發項目全部竣工、完成銷售的;土地增值稅清算
土地增值稅清算
(二)整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的;
(三)直接轉讓土地使用權的。
對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。
(一)已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的;
(二)取得銷售(預售)許可證滿三年仍未銷售完畢的;
(三)納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的;
(四)省(自治區、直轄市、計劃單列市)稅務機關規定的其他情況。
對前款所列第(三)項情形，應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算。
清算期限:
對于符合清算條件，應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。對于符合第二種清算條件，稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關確定是否進行清算;對于確定需要進行清算的項目，由主管稅務機關下達清算通知，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內辦理清算手續。
應進行土地增值稅清算的納稅人或經主管稅務機關確定需要進行清算的納稅人，在上述規定的期限內拒不清算或不提供清算資料的，主管稅務機關可依據《中華人民共和國稅收征收管理法》有關規定處理。
