專項資金的管理和使用應當符合國家宏觀經濟政策、產業政策和區域發展政策，堅持公開、公正、公平的原則，確保專項資金的規范、安全和高效使用。
專項資金的申報和立項周期為每年一次，申報時間為上半年，每年的項目內容都會略有不同。
申報企業必須符合《中小企業發展專項資金管理辦法》第九條要求，申報項目必須按照《關于做好中小企業發展專項資金項目監督和管理工作的通知》規定進入項目庫，且符合產業政策和本通知支持重點。每個企業只能申報一個項目，符合條件的擔保機構可以同時申報擔保業務補助項目和保費補助項目。
（一）固定資產建設類項目申報條件
1.企業資質
申報技術改造項目的企業須為2009年6月前設立，申報戰略性新興產業建設項目和服務環境改善項目的企業須為2010年底前設立,具有獨立企業法人資格，2010年末從業人員數低于2000人、產品銷售收入低于3億元、資產總額低于4億元。
2.項目基本條件
項目須是經過具有投資項目審核職能的部門或機構核準或備案，2012年底前建成且建設期不超過2年的在建項目。項目建設期以核準或備案文件中的時間為準，若核準或備案文件中未注明建設期，項目建設起始日期為核準或備案時間。
申請無償資助的項目，項目總投資不超過4500萬元，固定資產投資規模不得超過3000萬元；申請貸款貼息的項目，項目總投資不超過6000萬元，固定資產投資規模不得超過4000萬元。
3.其他要求
（1）結構調整項目中新產品、新技術、新工藝是指企業采用與申報項目相關的有效期內的專利技術，或者具有國家重點新產品證書、2008年以來獲得的省部級新產品鑒定證書的技術。其中購買技術應提供相關購買證明。
（2）專業化發展項目，企業2010年協作配套產品銷售額應占全部銷售收入50%以上。
（3）節能減排項目中節能產品是指列入《國家重點節能技術推廣目錄》、《工業領域節能減排電子信息應用技術導向目錄》，且已進入推廣應用階段的產品。
（4）增加就業崗位項目完成后，企業新增就業人數須超過現有職工人數的15%。
（5）小企業創業環境改造項目是指不新征用土地，對現有廠房、基礎設施等資源條件進行改造的項目。
（6）生產性服務企業改造項目是指能夠幫助企業開發新產品、開拓市場、爭取訂單、穩定就業、增加就業崗位的項目。
（二）擔保（再擔保）業務補助項目申報條件
擔保機構和再擔保機構必須符合《擔保資金辦法》第七條、第八條要求。
（三）企業提高素質活動補助項目申報條件
1.企業資質
申報企業須為2009年6月前設立，具有獨立法人資格， 2010年末從業人員數低于2000人、產品銷售收入低于3億元、資產總額低于4億元。
2.項目要求
（1）提升企業管理水平補助項目，項目2009年建成，2010年運行良好；與項目相關的存貸周轉率、應收賬款周轉率、營業利潤率、銷售增長率等指標顯著提高。
（2）提升企業研發能力補助項目，2011年底前建成且建設期不超過2年，總投資不超過3000萬元的在建項目，技術人員占企業總人數比例不低于15%，研發投入不低于企業銷售收入的2%，新產品銷售收入不低于企業全部銷售收入20%。
（3）企業專利申請補助項目。企業在2008年至2010年期間獲得國家專利局受理和授權的專利技術超過10項（其中發明專利超過5項），且專利技術已在產品中使用。
（四）中博會補助項目申報條件
在我國境內依法設立并參加2011年中博會的中小企業。
