一、專項資金實行“專人管理、專戶儲存、專賬核算、專項使用”。
二、資金的撥付本著專款專用的原則，嚴格執行項目資金批準的使用計劃和項目批復內容，不準擅自調項、擴項、縮項，更不準拆借、挪用、擠占和隨意扣壓；資金撥付動向，按不同專項資金的要求執行，不準任意改變；特殊情況，必須請示。
三、嚴格專項資金初審、審核、審核制度，不準缺項和越程序辦理手續，各類專項資金審批程序，以該專項資金審批表所列內容和文件要求為準。
四、專項資金報賬撥付要附真實、有效、合法的憑證。
五、加強審計監督，實行單項工程決算審計，整體項目驗收審計，年度資金收支審計。
六、對專項資金要定期或不定期進行督查，確保項目資金專款專用，要全程參與項目驗收和采購項目接交。
專項資金按照下列原則管理和使用：
（一）統籌規劃。省級財政部門應當會同有關部門和單位，結合本省（自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團，下同）經濟社會發展規劃、科技發展實際需求和現有科技資源布局，編制本省科技基礎條件建設五年規劃，并在規劃內確定分年度支持重點。
（二）突出重點。專項資金應當集中財力辦大事，重點支持能夠提升本地區、單位科技創新能力或科學普及水平的項目。
（三）傾斜扶持。專項資金對中西部地區給予適當傾斜扶持。
（四）專款專用。專項資金應當按照規定用途專款專用，不得用于本辦法規定范圍以外的項目，不得抵頂單位行政、事業經費。各級科技、財政部門和有關單位不得截留、挪用和擠占。
