稅務代理的基本程序，是指稅務代理人員，包括稅務師和從事稅務代理的業務助理人員，在執行稅務代理業務時所遵循的基本工作步驟。由于稅務代理的具體業務不同，稅務代理的程序是不完全相同的，這里主要是基本的工作程序。
稅務代理工作的開展過程，按其性質大體可分為3個階段，即代理準備階段、代理實施階段和代理完成階段。
（1）代理準備階段。
代理準備階段是整個代理工作的基礎和起點，準備工作做得如何直接關系到代理工作的進度、質量乃至成敗。當納稅人、扣繳義務人向稅務代理機構提出委托代理的意向，代理機構通過調查了解，確定是否接受該項代理業務，代理和被代理雙方充分協調取得一致意見后，簽定委托稅務代理協議書，并由稅務師及其所在的稅務代理機構和被代理人簽名蓋章。委托稅務代理協議書是稅務代理雙方協商一致簽定的文件，以此明確稅務代理關系的成立，以及對約定事項的理解。協議書具有合約的性質，一經雙方簽字，即成為稅務代理機構與委托人之間在法律上生效的契約。需要注意的是，《注冊稅務師資格制度暫行規定》中所確定的代理業務都是稅務代理機構承辦的。稅務師及其業務助理人員不能直接接受委托人的委托，承辦代理業務。
（2）代理實施階段。
這是代理全過程的中心環節，其工作是按照稅務代理計劃，根據委托代理協議書約定的代理事項、權限、期限開展工作。
（3）代理完成階段。
實質性的代理業務結束，這個階段的工作主要是整理代理工作底稿，編制有關表格，并將有關資料存檔備查。
稅務代理關系的終止包括自然終止、被代理人終止、稅務代理人終止。自然終止是指稅務代理時間已經到期，稅務代理委托合同書屆時失去效力，稅務代理關系自然解除。
另外，稅務代理機構作為獨立核算自收自支管理的中介機構，對其收入和所得負有納稅義務，按照稅法規定，稅務代理機構應繳納營業稅、企業所得稅、教育費附加等。
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