所得稅優惠計算：項目所得不等于應納稅所得額
在分項目的企業所得稅優惠中，各項目所得的計算非常關鍵。所得是收入減去成本費用，成本費用不可以剔除稅前不得扣除的部分，因此所得不等于會計代理應納稅所得額。
企業所得稅法實施條例第八十八條第二款規定：企業從事前款規定的符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第1年～第3年免征企業所得稅，第4年～第6年減半征收企業所得稅。其中的“所得”應該如何計算，是否該將納稅調整考慮進來？曾有一種意見認為，項目所得與應納稅所得額含義近似，“項目所得”應為“應納稅所得額”，會計代理項目所得口徑不是“會計利潤”，而應該是會計利潤加減納稅調整后的結果。
這種理解是否準確？事實上，有關“所得”的概念在企業所得稅法中多次提及，其中與“環境保護、節能節水項目”所得稅優惠相關的是企業所得稅法第二十七條，該條提及，“企業的下列所得，可以免征、減征企業所得稅”，包括（一）從事農、林、牧、漁業項目的所得；（二）從事國家重點扶持的公共基礎設施項目投資經營的所得；（三）從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得；（四）符合條件的技術轉讓所得；（五）本法第三條第三款規定的所得。
企業所得稅法實施條例第六條也對會計代理“所得”有解釋，“企業所得稅法第三條所稱所得，包括銷售貨物所得、提供勞務所得、轉讓財產所得、股息紅利等權益性投資所得、利息所得、租金所得、特許權使用費所得、接受捐贈所得和其他所得”。基于此，各項所得實際上核算的是企業在各收入來源所產生的所得，實際上是所得分類的一種。各項所得實際上是計算應納稅所得額的基礎。
雖然企業所得稅法對所得的計算沒有明確，但是可以從現行的稅收規范性相關文件中得出結論。如《國家稅務總局關于技術轉讓所得減免企業所得稅有關問題的通知》（國稅函〔2009〕第212號）第二條明確提及所得的計算公式，即“符合條件的技術轉讓所得應按以下方法計算：技術轉讓所得＝技術轉讓收入－技術轉讓成本－相關稅費”。《財政部、國家稅務總局關于中國清潔發展機制基金及清潔發展機制項目實施企業有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2009〕第30號）第二條也明確，“企業實施CDM項目的所得，是指企業實施CDM項目取得的溫室氣體減排量轉讓收入扣除上繳國家的部分，再扣除企業實施CDM項目發生的相關成本、費用后的凈所得。”企業所得稅法實施條例第一百零二條規定“企業同時從事適用不同企業所得稅待遇的項目的，其優惠項目應當單獨計算所得，并合理分攤企業的期間費用；沒有單獨計算的，不得享受企業所得稅優惠”會計代理。國家稅務總局在2011年編寫的《企業所得稅工作規范》，在減征、免征所得管理部分，也提供了一些參考表格，主要是核算優惠項目所得，表格反映出來的所得就是收入減成本、稅金和費用。綜上所述，所得實際上就是收入扣除相關成本、費用（含稅金）后的金額。
根據以上分析，應納稅所得額是針對企業所得稅納稅人主體而言，各種納稅調整實際上是站在申報的納稅人角度進行調整，而不能在計算各項目所得時就進行納稅調整。現行所得稅年度申報表的填表邏輯是首先計算出會計利潤，在此基礎上進行相應的納稅調整、彌補以前年度虧損，會計代理就是應納稅所得額。項目所得是基于各個項目核算，對于納稅人而言享受優惠的項目所得只是一個納稅調整項目，如果在計算項目所得就理解為納稅調整后的項目所得，最終在計算企業的年度應納稅所得額時將會出現一些永久性差異能夠扣除。
例如：某企業全年僅有一個項目，且是環保項目，可以享受免稅，項目收入1000萬元，項目成本600萬元，期間費用200萬元，其中福利費超標10萬元，業務招待費超標30萬元，全年發生罰款10萬元。
企業應納稅所得額＝（1000－600－200）＋會計代理（10＋30＋10）－（1000－600－200）=50（萬元）
說明：第一項（1000－600－200）是會計利潤，后面的（10＋30＋10）是年度申報表附表3的納稅調增；而最后的（1000－600－200）則是指項目優惠所形成的納稅調減。
如果按照項目所得是納稅調整后的概念，則企業的應納稅所得額＝（1000-600-200）-[1000-600-（200-10-
30-10）]＋（10＋30＋10）=200－250＋50
=0，此處[1000－600－（200－10－30－10）]=250會計代理（萬元）為項目所得，超過了會計利潤（200萬元）。企業必然還要在年度申報表對50萬元的永久性差異再做一次調增，也即上述公式的（10＋30＋10）。最終對同一事項進行了兩次納稅調整；另一結果是企業盡管發生了永久性差異，但卻全額稅前扣除了。
需要指出的是，企業所得稅法雖然沒有直接闡述所得的計算公式，但是從現行申報表體系以及項目所得優惠文件已經足可以說明此處的所得就是收入減去成本費用，成本費用不可以剔除稅前不得扣除的部分。
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